Mostar a considérablement souffert de la guerre de Bosnie-Herzégovine (1992-1995). Trois camps s'y sont affrontés : tandis que les Serbes tenaient les hauteurs, les Croates avaient parqué les Bosniaques (Slaves musulmans) dans le ghetto de la vieille ville, sur la rive est de la Neretva.
Međugorje est une ville de Bosnie-Herzégovine devenue un site non officiel de pèlerinage catholique depuis l'apparition supposée de la Vierge Marie sur la "colline des apparitions" en 1981.